Spesso la mediazione familiare viene confusa con la terapia di coppia o con la terapia familiare. La mediazione familiare ha in realtà un obiettivo opposto a quello della terapia ovvero quello di favorire la separazione consensuale della coppia stessa. Inoltre, a differenza della terapia familiare, prevede obbligatoriamente la presenza di entrambi i membri della coppia. Da un punto di vista procedurale la mediazione familiare non esplora aspetti del passato della coppia, ma solo quelli presenti e orientati al futuro.
Rispetto alla consulenza legale - a cui può tuttavia essere integrata - la mediazione familiare non ha come obiettivo la cura degli interessi dei propri clienti, ma il raggiungimento di accordi condivisi.